山东巡抚衙门为清代山东省最高行政管理机关，顺治元年（1644）设于济南府，下辖十府三州九十三县。山东巡抚是该省最高行政长官，掌理山东省行政事务，统辖该省文武官员。该衙门内部机构有吏、户、礼、兵、刑、工六房。巡抚衙门辖有直属军营，名为“抚标”，设有中军、参将等武职官员。档案内容包括财政金融、内政民务、文教科举、商业交通、军务、外交、教案等。