1.内阁
内阁是辅助皇帝办理政务的中枢机构。目前内阁全宗已开放题本档案156.8万件。题本是清朝高级官员向皇帝报告政务的文书之一，基本按照吏、户、礼、兵、刑、工六科分类整理编目，有满文和汉文题本。这些题本是封建统治者处理国家庶政的原始记录，是研究清史的第一手材料。

2.军机处
军机处设立于雍正朝，乾隆朝以后总揽一切国家机要政务。目前军机处全宗已开放档案81.4万件。奏折是京内外官员奏报政事的文书。皇帝朱批之后，军机处均抄录一份存案，即是录副奏折。内容包括清代政治、军事、经济、文化以及社会状况等各方面的材料。此外，军机处还有分类汇抄的档簿，如满文上谕档、寄信档等，是清代档案中最系统、历年来利用率最高的档案。

3.宫中各处档案
乾清宫是清帝处理政务的主要场所之一，存放在此处的档案称为“宫中各处档案”。 目前宫中各处档案全宗已开放朱批奏折档案59.2万件。奏折经皇帝用朱砂笔批阅以后，叫朱批奏折，内容包括清代政治、军事、经济、文化以及社会状况等各方面的材料，是研究清代历史的重要史料。

4.内务府
内务府是清代管理宫廷事务的机构，下设七司三院等机构。目前内务府全宗已开放奏案、呈稿、来文等档案60.8万件。内务府档案内容涉及清代国家和宫廷的人事、仓储、财务、陈设、典礼、祭祀、外交、警卫、刑狱、工程、制造、农林、畜牧、渔猎及皇家日常起居、内府文书制度等方面，对于研究清代国家政务和宫廷事务联系有重要价值。

5.宗人府
宗人府是清代掌管皇族事务的机关，设有经历司等机构，此外还辖有玉牒馆等5个临时机构。目前宗人府全宗已开放来文、说堂稿、存稿、奏稿等档案48.3万件。宗人府档案对于研究清代礼制、宫廷生活、皇族事务等问题具有重要的史料价值。

6.宪政编查馆
宪政编查馆，是清末考查编订宪政的机关。目前宪政编查馆全宗已开放档案2294件。档案内容主要是考察政治、筹备立宪、司法、学务、军务等方面，是研究晚清宪政的重要史料。

7.修订法律馆
修订法律馆，是清末筹备立宪时，为编纂中国各种新法典而设立的机构。目前修订法律馆全宗已开放档案152件。档案内容主要是修订法律、法律咨询、考察法律及编译书籍等，是研究清末律法的重要史料。

8.民政部
清代民政部由巡警部改设，掌管地方行政、地方自治、编查户口、巡察禁令、编查图志、修缮道路和医药卫生等事项。目前民政部全宗已开放档案4.1万件。档案内容主要包括：核议民政警务章制律例、部分省区行政区划调整，经办巡警、测绘、速记、监狱各种学堂，修建陵寝、坛庙、衙署、桥梁、道路以及核销工料等，是研究清末民政的重要史料。

9.刑部—法部
刑部为管理刑法事务的专门机构。光绪三十二年九月，刑部改为法部。目前刑法部全宗已开放档案15.1万件。档案内容丰富，涉及清代刑法事务各方面，是研究清代司法制度、社会情况、阶级关系的重要史料。

10.京师高等审判厅、检察厅
京师高等审判厅是大理院直辖的审判厅之一，设于光绪三十三年。目前本全宗已开放档案2692件。档案主要内容多为审判各类案件的文件，也有京师高等审判厅、检察厅的收发文等，是研究清末司法、检察制度的重要史料。

11.兵部—陆军部
兵部是管理全国军事的最高机构。光绪三十二年，兵部改为陆军部。目前兵部—陆军部全宗已开放档案7万余件，以光绪、宣统两朝居多，内容非常丰富，是研究清代军政的重要史料。


12.弼德院
弼德院设立于宣统三年，是清末为实行宪政而成立的的专职参议机构；卷内7件档案形成时间为宣统三年，皆为簿册，有奏行稿簿、收文簿、临时政府内务部大事纪略等。

13.邮传部
邮传部设立于光绪三十三年，是管理全国轮船、铁路、邮递、电信四政的机构；档案起止时间为光绪六年至民国二年；档案内容包括各省造报有关铁路、电报、邮政、各转运局等关于人事、财务、规章等方面的簿册，以及相关的札、咨、奏稿、电文等折件。

14.督办盐政处
督办盐政处成立于宣统元年，宣统三年改为盐政院，设专职盐政大臣一名，总理全国盐务；全宗内档案以督办盐政处时期为主；包括清册、奏稿、咨稿、札稿等。

15.山东巡抚衙门
山东巡抚衙门设立于于顺治元年，是管理山东省行政事务的机关；档案起止时间为咸丰五年至宣统二年；内容涵盖财政金融、内政民务、文教科举、军政外交等各个方面。

16.醇亲王府
醇亲王府档案是清末醇亲王府和两代醇亲王所存档案的汇集；档案起止时间为光绪元年至民国十五年；主要内容有王府自身形成的及各地各处呈报、抄送亲王、王府的奏、奏稿、咨、呈、图表、册等公务文书及私人函札。它记录了亲王、王府和皇室的有关活动，反映了这段时间的政治、经济、军事、涉外等事务。

17.神机营
神机营是由八旗骁骑营、前锋营等各营中挑选精壮兵丁组成的掌守卫紫禁城及三海、随帝出巡的扈从部队；档案起止时间为同治七年至宣统二年，以光绪末年的文件为主；档案内容包括机构人事、训练新军、军械、礼仪等，主要文种有移会、咨呈、奏折、奏片、印结、详等。

18.近畿陆军督练公所档案
近畿陆军各镇督练公所又称近畿陆军督练处，专司督练近畿陆军各镇事宜；档案起止时间为光绪三十三年至宣统三年；内容包括职官官制、军务、经费钱粮、文图庶务等项。

19.都察院
都察院设立于崇德元年，是“掌察核常官整饬纲纪”的监察机构；档案起止时间为顺治八年至宣统元年；内容包含职官官制、督审的案件、各种条陈意见以及各项文图庶务等，主要文种有奏、呈、咨、移、揭帖、勘合、簿册、清册、清单等。

20.军谘府
军谘府是清末军事参谋机构，原称军谘处,是赞助皇帝通筹全国陆、海军事宜的机构；全宗档案起止年度：宣统元年至宣统三年；内容包括酌拟官制章程的奏稿清单、陆军学堂相关文件、各省军务相关文件等。

21.资政院
资政院是清政府在预备立宪过程中设置的立法谘议机构，掌取决公论并议决国家预决算、公债、税法、法典朝章事宜及“奉旨”交议之事；档案起止时间为光绪三十二年至宣统三年；档案内容主要包括资政院及地方谘议局的各项章制议案，有关立宪选举方面的条陈意见及事宜等。

22.步军统领衙门
全称为“提督九门步军巡捕五营统领”，是京师卫戎部队。掌京城守卫、稽查、门禁、巡夜、禁令、保甲、缉捕、审理案件、监禁人犯、发信号炮等要职；档案起止年度：咸丰三年至宣统三年；内容包括两翼、五营军政事宜节略，军政官员考语单，军需经费、守卫缉捕等。

23.北洋督练处
北洋督练处为直隶总督所辖，专司训练新军，统管全省军务的机构；档案起止时间为光绪三十一年至宣统二年；档案内容包括官佐委任、奖惩赏恤、薪饷等的相关文札。

24.国子监
国子监设于顺治元年，是“掌国学之政令”的教育机构和最高学府，光绪三十一年随学部成立而撤销；档案起止时间为乾隆五年至光绪三十二年；档案内容主要包括各省造报赈捐请奖咨文、国子监发放监生执照，以及算学馆相关事务文件等。

25.乐部
乐部设于乾隆七年，是管理祭祀、朝会、燕飨演乐及审定乐器音律事务的机关；我馆仅存有乐部档案7件，起止时间为光绪二十九年至宣统三年，内容包括御制云汉诗乐章、乐官生人等姓名清册等。

26.陵寝礼部
"陵寝礼部是掌管东陵、西陵祭祀礼仪事宜的机构；
档案起止时间为乾隆十二年至宣统三年；档案主要内容是各陵造送祭祀应用各项物品、报销祭祀经费、官员兵丁数目等的清册。

27.太仆寺
太仆寺是专司军用马驼和牧厂诸事的机构，始设于顺治元年，光绪三十二年撤销；全宗档案起止时间为乾隆十三年至光绪三十二年；内容包括官员到任、引见、请假、请奖及兵丁升革病故等文件、垦牧方面的条陈清册等。

28.太常寺
太常寺是掌管坛庙祭祀礼仪的机构，顺治元年设立，光绪三十二年并于礼部；全宗档案起止时间为康熙朝至宣统朝；内容包括太常寺机构、职官的京察、考语、坛庙祭祀、修缮的相关文件簿册等。

29光禄寺
光禄寺是为朝廷典礼预备筵席及供应行礼官员食品的机构，顺治元年设立，光绪三十二年并入礼部；档案为光绪朝；内容包括祭祀胙呈送肉票事等。

30.鸿胪寺
鸿胪寺是掌管朝会与国家宴会专司赞导仪制的机构，顺治元年设立，光绪三十二年并入礼部。全宗档案起止年度为光绪二十八年至光绪三十二年；档案主要内容有鸿胪寺执照及其他文件。

31.翰林院
翰林院设立于顺治元年，是掌论撰文史，记载皇帝言行起居，进讲经史以及草拟典制的机构；全宗档案起止时间为顺治九年至光绪三十二年；内容有翰林院应变通厘定事宜说帖、反映太平军著名战役“三河大捷”中清官兵伤亡情况的文件、奖恤名单等。

32.大理院
大理院前身为大理寺，是掌管平驳全国刑名案件的衙门，光绪三十二年改为大理院后，成为为全国最高的审判机关；档案起止年度为光绪三十三年至宣统三年；档案内容有关于刑事、民事案件的奏稿，以及看守所的囚粮清册等。

33.会考府
会考府是雍正初年为察核动支钱粮事而专门设立的机构；档案起止时间为雍正元年至雍正三年；现存的主要是会考府左、右司的说堂稿，也有少数奏稿、题稿、咨文和簿册等。

34.清理财政处
清理财政处是清末为整顿财政而设立的机构，光绪三十二年并入度支部；档案时间为光绪二十九年至光绪三十一年；内容有户部会奏八省土膏统捐收支各数查核事等文件。

35.管理前锋护军等营事务大臣处
全称是“钦命管理两翼前锋、八旗护军、内务府三旗护军、骁骑等营事务大臣处”，是专门管理宫廷守卫事宜的机构，于宣统三年三月正式成立，前身为稽察守卫处；全宗档案起止时间为光绪二十九年至宣统三年；档案内容包括各营给综核科的收文及官员名单、报官弁升迁调补、降革、告假、病故等各方面的咨文等。

36.健锐营
健锐营是乾隆十四年组成的云梯兵，金川战事后另组为营，掌静宜园守卫，兼任皇帝出巡扈从；档案起止时间为光绪三十三年至宣统朝；内容为官员履历册及病故册。

37.火器营
火器营设于康熙三十年，是专门掌握鸟枪火炮的卫戍和仪仗部队；档案时间为光绪三十四年至宣统朝；内容为官员加级、出缺清册及伤情单。

38.侍卫处
侍卫处是负责皇帝宿卫扈从的机构，掌引导官员觐见，皇帝出巡随扈保驾，驻扎行宫守卫、戒备等；全宗档案起止年度：咸丰三年至宣统元年；档案内容主要为官员声明加级事的呈文、派出侍卫进班衔名单等。

39.尚虞备用处
又名粘竿处，是协助护卫皇帝出巡和负责皇帝娱乐的机构；档案时间为光绪三十三年；内容是宪政编查馆为派修订法律大臣事致该处的咨文。

40.禁卫军训练处
禁卫军训练处设立于光绪三十四年，是由监国摄政王载沣亲自控制的专司保卫紫禁城的宫廷卫队；档案起止时间为宣统元年至宣统三年；包括禁卫军官制营制饷章、日报表，保定工巡局给冯国璋的呈、禀。

41.京城巡防处
京城巡防处是咸丰初年太平军北伐期间，清廷为防堵太平军北上和维护京师的安全，临时设立的一个军事防务机构；档案起止时间为咸丰三年至宣统元年；内容包括围剿太平天国北伐军、镇压捻军、防守稽查、侦探情报、案件审理等情况的奏折、奏底、咨文、禀报、供单等。

42.京城善后协巡总局
京城善后协巡总局是光绪二十七年八国联军撤离北京前后，为维护京城地区社会治安，分段巡查、缉盗，审理案件及办理交涉等事设立的临时机构；档案起止时间为光绪二十七年至光绪二十八年；内容包括左翼各协巡局巡捕处段落、巡捕数目及交待巡捕段落、军械、家具等物清单，巡捕当差、演习等事的禀文等。

43.京防营务处
京防营务处是武昌起义后成立的在京城地区联络各军，稽查匪类，维护治安的临时性机构；档案起止时间为光绪二十七年至宣统三年；内容包括接收八国联军退还印信关防的禀文、拿获匪伙的供单及文书等。

44.禁烟总局
禁烟总局设于光绪三十四年，是专司禁种罂粟，禁食鸦片，管理烟店，烟税之事的机构；档案起止时间为光绪二十八年至宣统三年；内容包括禁烟章程大纲，禁烟、戒烟说帖、条陈、节略，戒烟甘结；吸食鸦片男女人数统计表等。